O MOLECULAR CORE também oferece um serviço de análise primária dos dados gerados por experimentos de microarray de expressão gênica. O serviço inclui pré-processamento (correção de background, normalização e sumarização) de acordo com metodologia mais adequada para os dados, análise do controle de qualidade (gráficos da distribuição das intensidades, correlação das intensidades, incluindo comparação antes e depois do pré-processamento e indicação para amostras mais adequadas para inclusão/exclusão no estudo), análise exploratória dos dados (agrupamento hierárquico não supervisionado e análise dos componentes principais) e identificação dos genes diferencialmente expressos utilizando a metodologia estatística mais adequada para os dados. Todas as análises são realizadas por pipelines desenvolvidos pela equipe do MOLECULAR CORE, utilizando os pacotes disponíveis pelo ambiente R/Bioconductor (http://www.bioconductor.org/).

Outros serviços de bioinformática incluem análise de estudos de associação genética de experimentos de genotipagem em larga escala (Genome Wide Association Studies) e identificação de variantes estruturais (CNVs – copy number variations) realizados com as plataformas de genotipagem da Affymetrix e da Illumina. As análises são conduzidas pelos softwares PLINK (http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/), PennCNV (http://www.openbioinformatics.org/penncnv/), ParseCNV (http://parsecnv.sourceforge.net/) entre outros.